Réforme des arrêts de travail 2026 : les nouvelles règles pour votre gestion RH et paie

En bref :
- À compter du 1er septembre 2026, chaque prescription d'arrêt de travail est plafonnée : 31 jours pour l'arrêt initial, 62 jours par prolongation.
- Ce n'est pas la durée totale des arrêts qui est limitée, mais leur découpage : un arrêt long devient une succession de prescriptions.
- Conséquences pour l'employeur : plus de justificatifs, plus de signalements DSN, une vigilance accrue sur la prévoyance et la subrogation.
- Les nouveaux plafonds ne concernent que les prescriptions établies — pas les arrêts en cours.

Yannick Fromager, Responsable consulting SIRH & Paie chez VMG Soft.

La réforme des arrêts de travail 2026 modifie en profondeur la façon dont les employeurs gèrent les absences maladie de longue durée. Derrière une règle en apparence simple — le plafonnement de la durée des prescriptions — se cache un vrai changement opérationnel pour les services RH et paie. Voici ce que disent réellement les décrets du 12 juin 2026, et les points à vérifier dans votre SIRH avant la rentrée.

Arrêt maladie 2026 : pourquoi la limite de 31 jours est trompeuse ?

C'est la formule que l'on va lire un peu partout à la rentrée. Et elle est trompeuse.

Les décrets du 12 juin 2026 ne limitent pas la durée pendant laquelle un salarié peut être en arrêt. Un arrêt de plusieurs mois reste parfaitement possible. Ce que les textes encadrent, c'est la durée de chaque prescription : le médecin ne peut plus délivrer un arrêt initial de six mois d'un seul tenant. Il devra le fractionner en une prescription initiale, puis des prolongations successives, chacune plafonnée.

Le véritable changement n'est donc pas médical, il est administratif. Et c'est précisément là que les équipes RH et paie vont sentir la différence.

Décret arrêt maladie du 1er septembre 2026 : que disent les textes ?

La réforme découle de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 (loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025) et de ses décrets d'application publiés au Journal officiel des 12 et 13 juin 2026.

Le décret n° 2026-498 insère un nouvel article R. 162-1-7-1 dans le code de la sécurité sociale et fixe deux plafonds : 31 jours maximum pour la prescription initiale et 62 jours maximum pour chaque prolongation. Le prescripteur peut déroger à ces plafonds lorsque l'état de santé le justifie, à condition de le motiver sur la prescription, au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé (HAS).

Un point souvent oublié mérite d'être souligné : ces plafonds s'appliquent uniquement aux prescriptions établies à compter du 1er septembre 2026. Les arrêts en cours à cette date ne sont pas concernés — il n'y a donc pas de rétroactivité à gérer sur les dossiers existants.

Un second texte, le décret n° 2026-503, fait évoluer les règles de visites médicales : l'employeur est désormais informé de l'organisation d'une visite de pré reprise, sauf opposition du salarié, et une pré reprise réalisée dans les 30 jours précédant la reprise peut, sous conditions, dispenser de la visite de reprise obligatoire.

→ Le détail des textes est consultable sur Légifrance : décret n° 2026-498 https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000054245585 et décret n° 2026-503 https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000054248175. Pour les règles générales d'indemnisation, voir aussi service-public.fr https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F3053.

Comment gérer les arrêts fractionnés : la durée maximale de prescription en pratique ?

Là où l'employeur gérait auparavant un dossier unique, il devra désormais suivre une succession de prescriptions. Pour un arrêt de six mois, par exemple : une prescription initiale de 31 jours, puis deux prolongations de 62 jours.

Chaque prolongation suppose une nouvelle prescription médicale — donc un nouveau justificatif à collecter, une nouvelle échéance à surveiller et un nouveau signalement à produire. Le risque nouveau est celui de la rupture de chaîne : une prescription manquante ou transmise tardivement peut retarder l'indemnisation et la gestion administrative de l'arrêt.

Signalement DSN, prévoyance, subrogation : les trois enjeux pour l'entreprise

L'enjeu financier : la prévoyance

Les contrats de prévoyance prévoient généralement la production des justificatifs d'arrêt pour verser les compléments de salaire. Une succession de prescriptions peut multiplier les pièces à transmettre. Selon les modalités de votre contrat, un document manquant sur une seule tranche peut retarder l'indemnisation, le complément employeur et le maintien de salaire du collaborateur.

L'enjeu opérationnel : la charge administrative et la DSN

Pour un seul arrêt de longue durée, les équipes devront potentiellement gérer jusqu'à quatre justificatifs, jusqu'à quatre signalements DSN selon les règles déclaratives applicables, et plusieurs flux d'indemnités journalières en subrogation. Chaque décalage sur une tranche peut peser sur la trésorerie de l'entreprise.

L'enjeu de pilotage : la traçabilité des visites

Avec l'évolution des règles de visites, l'employeur doit savoir, pour chaque salarié de retour, si une visite de reprise reste obligatoire ou si une pré reprise récente en dispense. Cela suppose de tracer précisément les dates de visite.

Votre SIRH est-il conforme au décret 2026-498 ? Cinq points à vérifier

Précision importante : ces fonctionnalités ne sont pas des obligations légales. La réglementation modifie les règles de prescription ; les impacts sur la paie, la DSN et la prévoyance en sont des conséquences opérationnelles. Ce sont des bonnes pratiques de gestion — celles qui feront la différence entre un processus maîtrisé et une surcharge administrative. Votre SIRH devrait permettre de :

1. Chaîner les prescriptions d'un même arrêt — une seule absence logique dans l'outil, pas plusieurs absences indépendantes.

2. Alerter avant la fin des 31 jours — pour relancer le salarié et éviter toute rupture de chaîne.

3. Produire des signalements DSN cohérents — un signalement par tranche, sans ressaisie.

4. Suivre la subrogation prescription par prescription — plusieurs flux d'IJSS pour un même arrêt.

5. Tracer les visites de pré reprise — pour déterminer automatiquement si une visite de reprise reste due.

Pour aller plus loin sur l'adaptation de votre outil, découvrez notre offre SIRH.

Comment préparer votre paie et votre SIRH avant le 1er septembre ?

Trois étapes simples pour aborder l'échéance sereinement :

1. Auditez votre outil — Passez ces cinq points en revue avec votre gestionnaire de paie et identifiez les écarts.

2. Interrogez votre éditeur — Demandez sa feuille de route sur la gestion des arrêts fractionnés et le calendrier des évolutions.

Faites-vous accompagner si besoin — Un paramétrage adapté en amont évite les ruptures de chaîne et les blocages d'indemnisation dès les premiers arrêts concernés.

Comment VMG Soft vous accompagne ?

La réforme ne se pilotera pas toute seule. Même lorsqu'un outil de paie signale les échéances de prescription par des alertes, une alerte ne bloque pas la saisie : elle prévient, elle ne corrige pas. La vigilance sur le suivi des arrêts fractionnés, la cohérence des signalements et le maintien des droits reste entre les mains des équipes RH et paie. C'est précisément là que l'accompagnement fait la différence.

Chez VMG Soft, intégrateur spécialisé sur Bizneo HR et OpenPaye, nous aidons les entreprises à préparer ce changement : revue du paramétrage des absences, mise en place des alertes d'échéance, contrôle de la chaîne de justificatifs et de la subrogation, et anticipation des points de vigilance propres à chaque solution. Nous suivons de près les évolutions annoncées par les éditeurs pour que votre configuration soit prête le moment venu.

Que vous soyez déjà équipé de l'une de ces solutions, que vous envisagiez d'y migrer, ou que vous cherchiez simplement à sécuriser votre gestion des arrêts avant la rentrée, échangeons sur votre situation.

→ Échangeons sur votre paramétrage : formulaire

Sources officielles : décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 (art. R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale) et décret n° 2026-503 du 12 juin 2026, publiés au Journal officiel. Article informatif, ne constituant pas un conseil juridique. Publié le 25 août 2026